Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 188/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagaimana telah diubah terakhir dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 183/PMK.01/2020 pasal 254 ayat (2), Seksi Penindakan dan Penyidikan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :

Seksi Penindakan dan Penyidikan mempunyai tugas :

1. Melakukan kegiatan Intelijen, patroli, dan operasi pencegahan dan penindakan pelanggaran peraturan perundang-undangan di bidang Kepabeanan dan Cuka;
2. Penyidikan tindak pidana Kepabeanan dan Cukai;
3. Penatausahaan dan pengurusan Barang Hasil Penindakan dan Barang Bukti; dan
4. Pengelolaan dan pemeliharaan Sarana Operasi, Sarana Komunikasi, dan Senjata Api.