Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 188/PMK.01/2016 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagaimana telah diubah terakhir dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 183/PMK.01/2020 pasal 132, Bea Cukai Bontang mempunyai Tugas dan Fungsi sebagai berikut :

Melaksanakan pengawasan dan pelayanan di Bidang Kepabeanan dan Cukai dalam daerah wewenangnya berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Untuk melaksanakan tugas tersebut, berdasarkan pasal 133, Bea Cukai Bontang menyelenggarakan fungsi :

1. Pelayanan Teknis di Bidang Kepabeanan dan Cukai;
2. Pelaksanaan pemberian perijinan dan fasilitas di Bidang Kepabeanan dan Cukai;
3. Pelaksanaan pemungutan dan pengadministrasian Bea Masuk, Cukai, dan Pungutan Negara Lainnya yang dipungut oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai;
4. Pelaksanaan Intelijen, Patroli, Penindakan, dan Penyidikan di Bidang Kepabeanan dan Cukai;
5. Penerimaan, Penyimpanan, Pemeliharaan, dan Pendistribusian dokumen Kepabeanan dan Cukai;
6. Pelaksanaan Pengolahan Data, Penyajian Informasi, dan Laporan Kepabeanan dan Cukai;
7. Pengelolaan dan Pemeliharaan Sarana Operasi, Sarana Komunikasi, dan Senjata Api;
8. Pengawasan Pelaksanaan Tugas dan Evaluasi Kerja; dan
9. Pelaksanaan Administrasi Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea dan Cukai.