Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 188/PMK.01/2016 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagaimana telah diubah terakhir dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 183/PMK.01/2020, Bea Cukai Bontang memiliki wilayah kerja yang meliputi seluruh Wilayah Administrasi Kota Bontang beserta wilayah perairan disekitarnya. 

Kota Bontang sendiri memiliki luas wilayah daratan dan perairan seluas 497,57 Km persegi. Kota dengan 3 Kecamatan ini, terdapat beberapa perusahaan besar di Bidang Migas, Batubara, Produk Kimia, Minyak Sawit juga beberapa fasilitas Kepabeanan seperti Kawasan Berikat.

Lokasi Kantor Bea Cukai Bontang