Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 188/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Bea dan Cukai sebagaimana telah diubah terakhir dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 183/PMK.01/2020 pasal 254 ayat (3), Seksi Perbendaharaan mempunyai tugas dan fungsi sebagai berikut :

Seksi Perbendaharaan mempunyai tugas :

1. Melakukan pemungutan dan pengadministrasian Bea Masuk, Bea Keluar, Cukai, dan Pungutan negara lain yang sesuai peraturan perundang-undangan dipungut oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai;
2. Melakukan penerimaan dan penatausahaan Rencana Kedatangan Sarana Pengangkut dan Jadwal Kedatangan Sarana Pengangkut;
3. Melakukan penerimaan, pendistribusian, penelitian, dan penyelesaian manifes kedatangan dan keberangkatan sarana pengangkut;
4. Memberikan pelayanan pemberitahuan pengangkutan barang; dan
5. Melaksanakan penghitungan denda administrasi terhadap keterlambatan penyerahan dokumen dan sarana pengangkut.