Bea cukai Bontang memiliki 5 divisi yang mempunyai tugas dan fungsinya masing masing, yaitu ada Subbagian Umum, Seksi Kepatuhan Internal dan Penyuluhan, Seksi Penindakan dan Penyidikan, Seksi Pelayanan Kepabeanan dan Cukai dan Dukungan Teknis, Seksi Perbendaharaan, dan Kelompok Jabatan Fungsional. Adapun tugas dan fungsi Seksi Perbendaharaan yang ada di Bea Cukai Bontang:

Melakukan pemungutan dan pengadministrasian bea masuk, bea keluar, cukai, dan pungutan negara yang sesuai peraturan perundang-undangan dipungut oleh DJBC, dan melakukan pelayanan kepabeanan atas sarana pengangkut dan pemberitahuan pengangkut. 

1.Pengadministrasian penerimaan bea masuk, bea keluar, cukai, denda administrasi, bunga, sewa tempat penimbunan pabean, dan pungutan negara yang sesuai peraturan perundang-undangan dipungut oleh DJBC.

2. Pengadministrasian jaminan serta pemrosesan penyelesaian jaminan penangguhan bea masuk, jaminan Pengusaha Pengurusan Jasa Kepabeanan (PPJK), jaminan dalam rangka keberatan dan banding serta jaminan lain sesuai peraturan perundang-undangan.

 3.Penerimaan, penatausahaan, penyimpanan, pengurusan permintaan dan pengembalian pita cukai.

4. Penagihan dan pengadministrasian pengembalian bea masuk, bea keluar, cukai, denda administrasi, bunga, sewa tempat penimbunan pabean, pungutan negara lainnya yang dipungut oleh DJBC, serta pengadministrasian dan penyelesaian premi.

  5. Penerbitan dan pengadministrasian surat teguran atas kekurangan pembayaran bea masuk, bea keluar, cukai, denda administrasi, bunga, sewa tempat penimbunan pabean, dan pungutan negara yang sesuai peraturan perundang-undangan dipungut oleh DJBC yang telah jatuh tempo.

 6. Penerbitan dan pengadministrasian surat paksa dan penyitaan, serta administrasi pelelangan.

7. Penyajian laporan realisasi penerimaan bea masuk, bea keluar, cukai, dan pungutan negara yang sesuai peraturan perundang-undangan dipungut oleh DJBC.

  8. Penerimaan dan penatausahaan rencana kedatangan sarana pengangkut dan jadwal kedatangan sarana pengangkut.

  9. Pelaksanaan penerimaan, pendistribusian, penelitian, dan penyelesaian manifes kedatangan dan keberangkatan sarana pengangkut serta pelayanan pemberitahuan pengangkutan barang. 

10. Penghitungan denda administrasi terhadap keterlambatan penyerahan dokumen sarana pengangkut.